На долю Невы приходится более трети загрязнения всего Балтийского моря. По официальным отчетам Администрации Санкт-Петербурга, 40% всех сточных вод сбрасывалось в Неву, ее притоки и Невскую Губу без какой-либо очистки. По сравнению с предыдущими годами этот показатель вырос практически вдвое.
Выловленная в Неве рыба, по результатам исследований Гринпис, содержит высокие концентрации мышьяка и полихлорбифенилов (ПХБ) — одних из 12 наиболее опасных стойких органических загрязнителей (СОЗ). Во всех образцах невской рыбы количество ПХБ превышало нормативы ЕС для пищевых продуктов, и если бы такая рыба была выловлена на территории Евросоюза, ее продажа была бы запрещена.

В то же время образцы корюшки, заходящей в Неву лишь на нерест, загрязнены ПХБ значительно меньше.
Еще одна проблема - транспортировка по Неве нефтепродуктов. По реке ежегодно проходит, в среднем, более 2 тысяч танкеров и барж, перевозящих более 4 млн. тонн нефти. Даже из-за одной крупной аварии город может остаться без воды, а экосистемам Невы будет нанесен непоправимый урон.